Im Juni 1998 fiel die Entscheidung, die Biathlon-WM 2004 nach Oberhof zu vergeben – und Sven, sonst immer äußerst zurückhaltend, was das Äußern von Zukunftsplänen angeht, meinte: "Für mich ist das neue Motivation bis zur WM im eigenen Stadion aktiv zu bleiben."
Svens Form war in diesem Sommer ausgezeichnet. Er konnte den Oberhofer Mountainbike-Biathlon gewinnen und bei den Herbstleistungskontrollen zwei erste und zwei zweite Plätze erringen. Der Saisonstart 1998/1999, erstmals unter dem neuen Bundestrainer Frank Ullrich (der Norbert Baier abgelöst hatte), war furios. Nach einem dritten Platz beim Weltcup in Hochfilzen gelangen Sven in Osrblie drei Siege in drei Tagen: nach Sprint und Verfolgung gewann er auch mit der Staffel. Die deutsche Herrenstaffel konnte im Vorfeld der WM alle 4 Staffelwettbewerbe gewinnen und avancierte so natürlich zum absoluten WM-Favoriten – ein "Rucksack", auf den Frank Ullrich lieber verzichtet hätte.

Die spannendste dieser Staffeln war die in Antholz. Schlußläufer Frank Luck war während seines Laufs die Skibindung gebrochen, der Russe Maigurow reichte ihm schnell einen neuen Ski – diese faire Geste muß einfach noch mal erwähnt werden – und die Deutschen gewannen die Staffel. Dann wurde sie (wegen einer nicht ordnungsgemäß durchgeführten Waffenkontrolle bei Frank Luck) zuerst disqualifiziert und nach erfolgreichem Protest wieder zum Sieger erklärt.
Ebenso wie diese denkwürdige Staffel wird vielen die "Kälte-WM" von Kontiolahti  (Finnland) in Erinnerung geblieben sein. Die 

Wettkämpfe mußten wieder und wieder wegen der großen Kälte verschoben werden, denn bei unter –20°C dürfen keine Rennen ausgetragen werden. Die deutschen Biathleten nutzten die "Wartezeit" zum Training im Skitunnel von Vuokatti, denn die Temperaturen wollten trotz der verzweifelten und teils absurd anmutenden Bemühungen der Veranstalter einfach nicht steigen. Schließlich konnten nur je drei von fünf geplanten Wettkämpfen in Finnland stattfinden: Sprint, Verfolgung und Staffel. Einzel und Massenstart wurden auf die Weltcup-Veranstaltung am norwegischen Holmenkollen verschoben. 
Vor der WM hatte Frank Ullrich gesagt: "Wir haben mit Groß, Sendel, Fischer und Luck vier Siegläufer. Einer muß einfach durchkommen. Wir wollen drei unter die Top 15 bekommen...". Seine Hoffnungen wurden mehr als nur erfüllt. Im Sprint wurde Frank Luck Weltmeister, Sven kam auf den siebten Platz. Nach dem Verfolgungswettkampf standen drei Deutsche auf dem Treppchen: es gab Gold für Ricco Groß, Silber für Frank Luck und Bronze für Sven. Ausgerechnet mit der Staffel klappte es diesmal nicht, sie wurden "nur" vierte.
Die anschließenden Weltcups in USA und Kanada liefen für Sven sehr gut, dann kam der letzte Weltcup der Saison am Holmenkollen, in dessen Rahmen die beiden noch fehlenden WM-Wettkämpfe ausgetragen wurden. Es wurden wahre "Sven Fischer-Festspiele": drei erste Plätze in vier Rennen. Und endlich Weltmeister! Sven holte sich sowohl im Einzel als auch im Massenstart (der übrigens das erste Mal bei einer WM ausgetragen wurde) den Weltmeistertitel. Zu diesem Zeitpunkt hatte er bereits 13 Weltcup-Siege gesammelt, so viele wie bis dahin niemand zuvor, aber nie einen Weltmeistertitel erringen können. Er war erleichtert: " Mir ist ein riesiger Stein vom Herzen gefallen ... Ich habe in all den Jahren immer versucht möglichst lange auf höchstem Niveau zu rennen. Ich hatte in entscheidenden Situationen bisher viel Pech, aber ich wußte genau, daß irgendwann auch mein Tag kommen muß." Doch nicht nur Sven, sondern die  gesamte Mannschaft freute sich. Ricco Groß sagte: "In Kontiolahti hat sich der Fisch über meine Goldmedaille gefreut. Heute freue ich mich mit ihm. Schließlich sind wir ein Team." Neben den beiden WM-Goldmedaillen gewann Sven auch den Sprint und als Saisonresultat zum zweiten mal den Gesamt-Weltcup. Er sagte: „Alle meine Hoffnungen haben sich übererfüllt“, aber auch: "Wenn man so viele Jahre mitgerannt und auch hinterher gerannt ist, kann man die Erfolge richtig einordnen." 

Freude über den Gewinn des Gesamtweltcups 1999